Bereits als 16-Jähriger war er als Mitarbeiter für verschiedene Schüler-, Lokal- und Sportzeitungen tätig. 1984 war Prantner Volontär des ORF in der TV-Auslandsredaktion des Aktuellen Dienstes und 1985 redaktioneller Mitarbeiter der Sendung "Auslandsreport". Prantner war unter anderem für die Zeitschriften "Wiener" und "Basta" tätig, bevor er 1988 in die ORF-Öffentlichkeitsarbeit kam und 1994 als persönlicher Referent und Büroleiter von Generalintendant Gerhard Zeiler arbeitete.

Von Juni 1995 bis April 2002 war Thomas Prantner Pressesprecher des ORF und Leiter der Abteilung Öffentlichkeitsarbeit und Kommunikation, 1999 erhielt er die Prokura. Am 1. Mai 2002 wurde er zum ORF-Marketingchef und Leiter der Hauptabteilung Zentrales Marketing bestellt.