Schon während seiner Studienzeit arbeitete Jo Baier als freier Mitarbeiter beim Fernsehen, seit 1979 ist er Regisseur. Bevor er sich dem Spielfilm widmete, drehte er mehr als 70 Dokumentarfilme und Fernsehfeatures. Jo Baier inszeniert nicht nur, sondern schreibt für viele seiner Filme auch die Bücher, so auch für sein jüngstes Werk "Die Schwabenkinder".

Jo Baier erhielt zahlreiche Preise und Auszeichnungen. So bekam er für "Schiefweg" 1989 einen Adolf-Grimme-Preis in Silber und den AZ-Stern. Für "Wildfeuer" gab es 1991 eine Bundesfilmpreis-Nominierung sowie den Bundesfilmpreis und den Bayerischen Filmpreis für die Kamera (Gernot Roll), den Publikumspreis Valenciennes und die Auszeichnung "Bester erster Spielfilm" beim IFF Kairo.

Für "Hölleisengretl" bekam Jo Baier 1995 den Regiepreis der Deutschen Akademie der Darstellenden Künste, eine Nominierung zum Telestar und einen AZ-Stern.

Martina Gedeck bekam für die Darstellung der Hölleisengretl den Bayerischen Fernsehpreis und einen Goldenen Gong. Für die Verfilmung des Erwin-Strittmatter-Romans "Der Laden" bekam Jo Baier 1999 den AZ-Stern des Jahres, einen Goldenen Gong sowie den Sonderpreis des Bayerischen Fernsehpreises und einen Adolf-Grimme-Preis in Gold.

Mit einem weiteren Adolf-Grimme-Preis in Gold wurde Baier für seinen TV-Film "Wambo" ausgezeichnet, ein Film über den ermordeten Münchner Volksschauspieler Walter Sedlmayr, zu dem Jo Baier auch das Drehbuch schrieb und den Helmut Dietl (Diana Film) fürs Fernsehen produzierte. "Wambo"-Hauptdarsteller Jürgen Tarrach erhielt ebenfalls den renommierten TV-Oscar in Gold und stand 2002 im Historiendrama "Schwabenkinder" an der Seite von Tobias Moretti wieder für Jo Baier vor der Kamera. "Schwabenkinder" wurde im Frühjahr 2003 mit dem Goldenen Enzian beim 51. Bergfilmfestival von Trient ausgezeichnet.